Внешне место действия сериала похоже на современную Японию, однако есть и некоторые отличия. Так, например, главный герой живёт в «ученическом городке», где 80 % жителей составляют учащиеся (при общей численности населения в 2,3 млн человек). Экстрасенсорные способности признаны наукой и представляют собой достаточно обычное явление, по степени обладания ими люди делятся на категории: от Уровня 0 (полное отсутствие способностей) до Уровня 5 (наивысшие способности). Магия же, напротив, официально не признаётся.
Камидзё Тома является учеником старшей школы. У него нет экстрасенсорных способностей, и он не верит в магию и т. п. вещи. Однако, его правая рука имеет необычную особенность: она нейтрализует всё экстрасенсорное, магическое и т. п., к чему прикасается. Однажды, проснувшись утром, Тома обнаружил висящую на перилах балкона девушку в одежде, напоминающей одеяние монахини. Она была голодна. Девушка рассказала, что её зовут Индекс (яп. インデックス, индэккусу), и что в её памяти хранится 103 тысячи запрещённых церковью магических книг. А также, что за ней и её памятью охотятся маги. Тома поначалу ей не поверил, однако, как вскоре выяснилось, сказанное было не так уж далеко от истины…