Некоторые легенды утверждают, что ниндзюцу существовало с незапамятных времен, реальные исторические источники озволяют говорить о существовании ниндзюцу как самостоятельного искусства не ранее второй половины XV — середины XVI вв. Именно в этот период сложились крупнейшие школы Ига-рю и Кога-рю. А весь предыдущий период, японской истории, по сути, можно рассматривать как период накопления знаний в области шпионажа, их осмысления и упорядочивания. Всю историю ниндзюцу можно разделить на три важнейших периода: период формирования (VI—XIV вв.), период расцвета (XV — первая половина XVII вв.) и период упадка (вторая половина XVII—XIX вв.).

Возникновение
Многие элементы этого искусства (искусства ниндзя ) — следопытство, умение выслеживать врага, бесшумно подкрадываться — связаны с охотой, а потому были известны уже первобытным людям. Однако в средневековой Японии ниндзюцу фигурирует не просто как набор разрозненных методов, а как стройная система, опирающаяся на разработанную теорию, то есть как особая наука и особое искусство. Наукой ниндзюцу можно назвать благодаря строго логичному, рациональному строю его принципов, но, с другой стороны, оно, как всякое подлинное искусство не терпит шаблона и требует подлинно творческого подхода от своего исполнителя. Поэтому, говоря об истоках ниндзюцу, важно определить с какого момента разрозненные элементы оказались соединенными в единую систему.
Японские историки связывают становление ниндзюцу в качестве особой науки-искусства с влиянием знаменитого китайского трактата по военному искусству «Сунь-цзы», который был написан приблизительно в V веке до н. э. и в VII веке уже нашей эры завезен в Японию. В этой работе в главе «Использование шпионов» китайский военный мыслитель Сунь У впервые в мировой практике дал систематическое описание конкретных методов использования шпионов.
В своих размышлениях Сунь У исходил исключительно из рациональных соображений. Он отрицал значение всякого рода гаданий и магии в военном деле. Такой подход вообще был характерен для китайских мыслителей, следующих в русле конфуцианской традиции. В Китае, к моменту появления трактата «Сунь-цзы» в Японии, чрезвычайно развились многочисленные даосские и буддийские секты, подход которых к проблеме гаданий и магии был диаметрально противоположным.
Поэтому почти одновременно с «Сунь-цзы» в Японии появились и трактаты, описывающие приемы магии, направленные на достижение невидимости. Речь идет о так называемом тонко (букв, «прятаться за щитом») — искусстве становиться невидимым при помощи особого рода магических заклинаний. Включение тонко в подготовку ниндзя было не случайным. Дело в том, что, в отличие от доктрины использования шпионов Сунь-цзы, японское ниндзюцу испытало на себе сильное влияние со стороны различных религиозно-мистических учений, в первую очередь — со стороны синкретической концепции Сюгэндо.
Роль последователей Сюгэндо — горных отшельников ямабу-си — в истории ниндзюцу занимает отдельное место. Во второй половине XII века, когда сложились довольно крупные организации горных отшельников, контролировавшие большие терри тории и располагавшие значительными армиями монахов-вои нов, они стали принимать участие в боевых действиях. Столетием позже многие военачальники стали использовать ямабуси в роли шпионов. Ямабуси, как и другие монахи, имели право прохождения через многочисленные границы без досмотра и документов, для этого им было достаточно продемонстрировать какие-либо профессиональные навыки, к тому же группы ямабуси, идущие к очередному святому месту, были обычным явлением и ни у кого не вызывали подозрений. Этим стали пользоваться и обычные шпионы, мало-мальски знакомые с ритуалами и молитвами горных отшельников.

Первые ниндзя
К концу VI века источники относят деятельность первого про-ессионального шпиона в японской истории. Первого ниндзя звали Отомо-но Сайдзин (в некоторых работах он назван Отомо-но Сайню). Служил он принцу Сётоку Тайси (574—622), одному из величайших деятелей в истории Страны восходящего солнца.
Существует версия, что он был шпионом не военным, а политическим и полицейским. Он обладал замечательной памятью, умел подмечать все происшествия и незаметно для окружающих вызначать все детали. Имея множество знакомых среди простолюдинов, н, по сути, был связующим мостом между широкими народными массами и дворцовой аристократией, имевшей весьма слабое представление о жизни за стенами дворца. Собрав информацию о происшествиях (кражах, убийствах, случаях проявления недовольства государственной политикой), и проанализировав ее, Сайдзин делал доклад принцу. Если возникало судебное разбирательство по онкретному факту, Сётоку, зная всю ситуацию в деталях с изнанку - мог запросто принять решение, поражая окружающих своей юницательностью и всеведением.
Вторым японским государственным деятелем, использовавшим шпионов, считается император Тэмму (673—686), которому служил некий Такоя. В отличие от Отомо-но Сайдзина, Та-оя прославился на поприще диверсионной работы. Он довел до вершенства тактику дезориентации врага при помощи диверсионных акций в его тылу. Пробравшись среди ночи во вражескую крепость или лагерь, Такоя чинил там поджоги, вызывал сумятицу. И пока враги метались, главные силы Тэмму могли незаметно подобраться к вражеским позициям и нанести неожиданный удар.
Сохэи - монахи-воины
Авторы некоторых работ по истории нин-дзюцу приписывают сотворение этого искусства монахам-воинам (сохэям). Некоторый резон в этом есть, хотя бы потому, что одну из самых знаменитых школ нин-дзюцу — Нэгоро-рю — действительно создали сохэи из монастыря Нэгоро-дзи.
Феномен сохэев уходит своими корнями еще в X век. Возникновение особой группы монахов-воинов было связано с превращением буддийских монастырей в крупных земельных собственников. К концу VIII века столичные нарские монастыри начали оказывать столь мощное экономическое и политическое давление на императорский двор, что в 784 году было принято решение о переносе столицы. С 794 года двор обосновался в Хэйан (Киото).
В период политического хаоса X—XII веков, когда власть в стране захватили временщики из семьи Фудзивара, богатство буддийских храмов стало привлекать внимание многих предводителей самураев, желавших нажиться за счет служителей церкви. Да и государственные чиновники не раз покушались на суверенитет относительно беззащитных монастырских владений. Поэтому вскоре столичные монахи с горы Хиэй создали собственную армию, которая должна была защитить их владения и привилегии от всяких посягательств со стороны.
Поскольку армия хиэйского монастыря Энряку-дзи вскоре oн обороны перешла к наступлению и совершила нападение на син тоистский храм Гион в Хэйане, подчинявшийся нарскому Кофу ку-дзи, другие монастыри тоже стали создавать военизированные объединения. Всего через несколько лет все крупные монастыри Нары и Хэйана уже располагали тысячами бойцов, разоритель ные нашествия которых в течение последующих 200 лет террори зировали суеверных придворных и простых горожан столицы.
Воины-монахи действительно были грозной силой. В воинском искусстве они мало в чем уступали самураям, а иногда даже превосходили их. Для увеличения своих армий монастыри стали посвящать в монахи всех желающих из числа прошедших военную подготовку. Зачастую такие «послушники» были беглыми крестьянами или мелкими преступниками. Они-то в основном и вели военные действия. Впрочем и ученые монахи высшего уровня, которые в те времена составляли цвет японской нации, в случае необходимости с готовностью вступали в сражение.
Хотя пик военной активности буддийских монахов прихо-ится на период XI—XII веков, в последующие четыре века они носили немалую лепту в хаос, царивший в Японии. И лишь во орой половине XVI века объединители Японии Ода Нобунага Тоётоми Хидэёси нанесли смертельный удар по военной мощи уддийских монастырей.