Некоторые легенды утверждают, что ниндзюцу существовало с незапамятных времен, реальные исторические источники озволяют говорить о существовании ниндзюцу как самостоятельного искусства не ранее второй половины XV — середины XVI вв. Именно в этот период сложились крупнейшие школы Ига-рю и Кога-рю. А весь предыдущий период, японской истории, по сути, можно рассматривать как период накопления знаний в области шпионажа, их осмысления и упорядочивания. Всю историю ниндзюцу можно разделить на три важнейших периода: период формирования (VI—XIV вв.), период расцвета (XV — первая половина XVII вв.) и период упадка (вторая половина XVII—XIX вв.).

Возникновение
Многие элементы этого искусства (искусства ниндзя ) — следопытство, умение выслеживать врага, бесшумно подкрадываться — связаны с охотой, а потому были известны уже первобытным людям. Однако в средневековой Японии ниндзюцу фигурирует не просто как набор разрозненных методов, а как стройная система, опирающаяся на разработанную теорию, то есть как особая наука и особое искусство. Наукой ниндзюцу можно назвать благодаря строго логичному, рациональному строю его принципов, но, с другой стороны, оно, как всякое подлинное искусство не терпит шаблона и требует подлинно творческого подхода от своего исполнителя. Поэтому, говоря об истоках ниндзюцу, важно определить с какого момента разрозненные элементы оказались соединенными в единую систему.
Японские историки связывают становление ниндзюцу в качестве особой науки-искусства с влиянием знаменитого китайского трактата по военному искусству «Сунь-цзы», который был написан приблизительно в V веке до н. э. и в VII веке уже нашей эры завезен в Японию. В этой работе в главе «Использование шпионов» китайский военный мыслитель Сунь У впервые в мировой практике дал систематическое описание конкретных методов использования шпионов.
В своих размышлениях Сунь У исходил исключительно из рациональных соображений. Он отрицал значение всякого рода гаданий и магии в военном деле. Такой подход вообще был характерен для китайских мыслителей, следующих в русле конфуцианской традиции. В Китае, к моменту появления трактата «Сунь-цзы» в Японии, чрезвычайно развились многочисленные даосские и буддийские секты, подход которых к проблеме гаданий и магии был диаметрально противоположным.
Поэтому почти одновременно с «Сунь-цзы» в Японии появились и трактаты, описывающие приемы магии, направленные на достижение невидимости. Речь идет о так называемом тонко (букв, «прятаться за щитом») — искусстве становиться невидимым при помощи особого рода магических заклинаний. Включение тонко в подготовку ниндзя было не случайным. Дело в том, что, в отличие от доктрины использования шпионов Сунь-цзы, японское ниндзюцу испытало на себе сильное влияние со стороны различных религиозно-мистических учений, в первую очередь — со стороны синкретической концепции Сюгэндо.