Роль последователей Сюгэндо — горных отшельников ямабу-си — в истории ниндзюцу занимает отдельное место. Во второй половине XII века, когда сложились довольно крупные организации горных отшельников, контролировавшие большие терри тории и располагавшие значительными армиями монахов-вои нов, они стали принимать участие в боевых действиях. Столетием позже многие военачальники стали использовать ямабуси в роли шпионов. Ямабуси, как и другие монахи, имели право прохождения через многочисленные границы без досмотра и документов, для этого им было достаточно продемонстрировать какие-либо профессиональные навыки, к тому же группы ямабуси, идущие к очередному святому месту, были обычным явлением и ни у кого не вызывали подозрений. Этим стали пользоваться и обычные шпионы, мало-мальски знакомые с ритуалами и молитвами горных отшельников.

Первые ниндзя
К концу VI века источники относят деятельность первого про-ессионального шпиона в японской истории. Первого ниндзя звали Отомо-но Сайдзин (в некоторых работах он назван Отомо-но Сайню). Служил он принцу Сётоку Тайси (574—622), одному из величайших деятелей в истории Страны восходящего солнца.
Существует версия, что он был шпионом не военным, а политическим и полицейским. Он обладал замечательной памятью, умел подмечать все происшествия и незаметно для окружающих вызначать все детали. Имея множество знакомых среди простолюдинов, н, по сути, был связующим мостом между широкими народными массами и дворцовой аристократией, имевшей весьма слабое представление о жизни за стенами дворца. Собрав информацию о происшествиях (кражах, убийствах, случаях проявления недовольства государственной политикой), и проанализировав ее, Сайдзин делал доклад принцу. Если возникало судебное разбирательство по онкретному факту, Сётоку, зная всю ситуацию в деталях с изнанку - мог запросто принять решение, поражая окружающих своей юницательностью и всеведением.
Вторым японским государственным деятелем, использовавшим шпионов, считается император Тэмму (673—686), которому служил некий Такоя. В отличие от Отомо-но Сайдзина, Та-оя прославился на поприще диверсионной работы. Он довел до вершенства тактику дезориентации врага при помощи диверсионных акций в его тылу. Пробравшись среди ночи во вражескую крепость или лагерь, Такоя чинил там поджоги, вызывал сумятицу. И пока враги метались, главные силы Тэмму могли незаметно подобраться к вражеским позициям и нанести неожиданный удар.